Дык это ещё один, до кого дошло, что Нео является подделкой Матрицы.
Пример Агента Смита показывает, как программа из Матрицы может попасть в реальный мир вселившись в человека.
Аналогично и Нео является такой же программой Матрицы, отсюда и его возможность управлять рядовыми машинами в реальном мире. Отсюда и то, что машины посложнее воспринимают Нео чем-то серьёзным, поскольку это такая же как они сами программа, но только загрузившаяся в биологическое тело человека.
Вся концепция т.н. Избранного это о том, что Матрица создаёт специальную программу, давая шанс и надежду дивергентам не приживающихся в мире Матрицын и происходило это уже не один раз.
Потому синергия Нео и Смита в одном образе очень даже годный подход.